Teknologi prototipe menyusut AI untuk menghadirkan fungsionalitas seperti otak dalam satu perangkat yang kuat - ScienceDaily
Teknologi

Setelah lebih dari satu dekade, ChIP-seq mungkin menjadi kuantitatif – ScienceDaily


Selama lebih dari satu dekade, para ilmuwan yang mempelajari epigenetik telah menggunakan metode ampuh yang disebut ChIP-seq untuk memetakan perubahan dalam protein dan faktor pengatur penting lainnya di seluruh genom. Sementara ChIP-seq memberikan wawasan yang tak ternilai tentang dasar-dasar kesehatan dan penyakit, ia juga menghadapi tantangan yang membuat frustrasi: hasilnya sering dipandang sebagai kualitatif daripada kuantitatif, membuat interpretasi menjadi sulit.

Tapi, ternyata, ChIP-seq mungkin bersifat kuantitatif selama ini, menurut laporan terbaru yang dipilih sebagai Pilihan Editor dan ditampilkan di sampul majalah. Jurnal Kimia Biologi.

“ChIP-seq adalah tulang punggung penelitian epigenetik. Temuan kami menantang keyakinan bahwa langkah-langkah tambahan diperlukan untuk membuatnya kuantitatif,” kata Brad Dickson, Ph.D., staf ilmuwan di Van Andel Institute dan penulis terkait studi tersebut. “Pendekatan baru kami menyediakan cara untuk mengukur hasil, sehingga membuat ChIP-seq lebih presisi, sambil membiarkan protokol standar tidak tersentuh.”

Upaya sebelumnya untuk mengukur hasil ChIP-seq telah menyebabkan langkah tambahan ditambahkan ke protokol, termasuk penggunaan “spike-in,” yang merupakan aditif yang dirancang untuk menormalkan hasil ChIP-seq dan mengungkapkan perubahan histon yang jika tidak dapat dikaburkan. Langkah-langkah tambahan ini meningkatkan kompleksitas eksperimen sekaligus menambahkan variabel yang dapat mengganggu reproduktifitas. Yang penting, penelitian ini juga mengidentifikasi masalah sensitivitas dalam normalisasi lonjakan yang belum pernah dibahas sebelumnya.

Menggunakan model fisik prediktif, Dickson dan rekan-rekannya mengembangkan pendekatan baru yang disebut metode sans-spike-in untuk pengurutan ChIP Kuantitatif, atau siQ-ChIP. Hal ini memungkinkan peneliti untuk mengikuti protokol ChIP-seq standar, menghilangkan kebutuhan akan spike-in, dan juga menguraikan serangkaian pengukuran umum yang harus dilaporkan untuk semua eksperimen ChIP-seq untuk memastikan reproduktifitas serta kuantifikasi.

Dengan memanfaatkan reaksi pengikatan pada langkah imunopresipitasi, siQ-ChIP mendefinisikan skala fisik untuk hasil sekuensing yang memungkinkan perbandingan antar eksperimen. Skala kuantitatif didasarkan pada isoterm pengikat produk imunopresipitasi.

Sumber Cerita:

Materi disediakan oleh Lembaga Penelitian Van Andel. Catatan: Konten dapat diedit untuk gaya dan panjangnya.

Dipersembahkan Oleh : Lapak Judi

Baca Juga : Data Sidney