Fisikawan mengamati persaingan antara orde magnet - ScienceDaily
Top News

Metode baru membantu sekuenser DNA berukuran saku mencapai akurasi yang hampir sempurna – ScienceDaily


Para peneliti telah menemukan cara sederhana untuk menghilangkan hampir semua kesalahan pengurutan yang dihasilkan oleh sekuenser DNA portabel yang banyak digunakan, yang berpotensi memungkinkan para ilmuwan bekerja di luar lab untuk mempelajari dan melacak mikroorganisme seperti virus SARS-CoV-2 dengan lebih efisien.

Dengan menggunakan tag molekuler khusus, tim tersebut mampu mengurangi tingkat kesalahan lima hingga 15 persen dari perangkat MinION Oxford Nanopore Technologies menjadi kurang dari 0,005 persen – bahkan ketika mengurutkan banyak bentangan panjang DNA sekaligus.

“MinION telah merevolusi bidang genomik dengan membebaskan sekuensing DNA dari laboratorium besar,” kata Ryan Ziels, asisten profesor teknik sipil di University of British Columbia dan salah satu penulis utama studi tersebut, yang diterbitkan minggu ini di Metode Alam. “Tapi sampai sekarang, para peneliti belum dapat mengandalkan perangkat di banyak pengaturan karena tingkat kesalahannya yang cukup tinggi.”

Urutan genom dapat mengungkapkan banyak hal tentang suatu organisme, termasuk identitasnya, leluhurnya, serta kekuatan dan kerentanannya. Ilmuwan menggunakan informasi ini untuk lebih memahami mikroba yang hidup di lingkungan tertentu, serta untuk mengembangkan alat diagnostik dan perawatan. Tetapi tanpa pengurut DNA portabel yang akurat, detail genetik yang penting dapat terlewatkan saat penelitian dilakukan di lapangan atau di laboratorium yang lebih kecil.

Jadi Ziels dan kolaboratornya di Universitas Aalborg menciptakan sistem kode batang unik yang dapat membuat platform pengurutan DNA yang telah lama dibaca seperti MinION lebih dari 1000 kali lebih akurat. Setelah menandai molekul target dengan kode batang ini, para peneliti melanjutkan seperti biasanya – memperkuat, atau membuat banyak salinan, molekul yang diberi tag menggunakan teknik PCR standar dan mengurutkan DNA yang dihasilkan.

Para peneliti kemudian dapat menggunakan kode batang untuk dengan mudah mengidentifikasi dan mengelompokkan fragmen DNA yang relevan dalam data sekuensing, yang pada akhirnya menghasilkan urutan yang hampir sempurna dari fragmen yang hingga 10 kali lebih lama daripada yang dapat diproses oleh teknologi konvensional. Rentang DNA yang lebih panjang memungkinkan deteksi bahkan sedikit variasi genetik dan perakitan genom dalam resolusi tinggi.

“Hal yang indah tentang metode ini adalah bahwa metode ini dapat diterapkan pada gen apa pun yang menarik yang dapat diperkuat,” kata Ziels, yang timnya telah membuat kode dan protokol untuk memproses data sekuensing yang tersedia melalui repositori sumber terbuka. “Artinya, ini bisa sangat berguna dalam bidang apa pun di mana kombinasi akurasi tinggi dan informasi genom jarak jauh sangat berharga, seperti penelitian kanker, penelitian tanaman, genetika manusia, dan ilmu mikrobioma.”

Ziels saat ini bekerja sama dengan Metro Vancouver untuk mengembangkan versi metode yang diperluas yang memungkinkan deteksi mikroorganisme dalam air dan air limbah secara hampir real-time. Dengan gambaran akurat tentang mikroorganisme yang ada dalam sistem air mereka, kata Ziels, masyarakat mungkin dapat meningkatkan strategi kesehatan masyarakat dan teknologi pengobatan mereka – dan lebih mengontrol penyebaran mikroorganisme berbahaya seperti SARS-CoV-2.

Sumber Cerita:

Materi disediakan oleh Universitas British Columbia. Catatan: Konten dapat diedit gaya dan panjangnya.

Dipersembahkan Oleh : Lapak Judi

Baca Juga : Slot Online